鳥羽・伏見の戦いに敗れ、江戸に戻った近藤勇率いる新選組。ところがその近藤は、流山の地で、新政府軍に包囲され、投降することに。近藤に代わり、新選組の生き残りを率いた土方は、北関東、会津を転戦し、仙台で榎本武揚の艦隊と合流。新天地を求め蝦夷地に上陸する。そしてついに政府軍との最終決戦、箱館戦争の火ぶたが切って落とされる！