薩摩や長州の討幕派は大政奉還の後も、倒幕を目指して活動を続けていた。そしてついに、幕府を廃止し、新政府の成立を宣言した、王政復古の大号令が発せられた。近藤勇を筆頭とする新選組は、薩長を中心とした新政府軍との対決に突き進んでいく。