世界樹の精霊の導きで、元の世界に戻った二人が見たものは、崩壊し、人の姿も消えた街並だった―いったい何が起こったのか?人類は滅びてしまったのか?真相を求め、二人は再びイグドラシルの元へ向かうが…。謎の光に巻き込まれ、たどり着いた見知らぬ世界で“女神さま”になっちゃった女子高生の物語、大冒険の第二幕。