中学二年生になる庄司由斗は、失踪した父のせいで家計を支える母や姉のため、医師になることを目指している。そんな由斗のもとに不思議な“声”がささやく――「歴史を変えてみないか」と。“声”に誘われ、戦国時代にタイムスリップした由斗は、信長の暗殺阻止を独力で企てるが……。同じ頃、由斗の級友・新村陽介と永瀬葉月は自分たちの周囲が由斗の存在を忘れてしまっていることに気づく。友の窮地を救うため二人も戦国の世にタイムスリップするが……！　正しい歴史は取り戻せるのか!?